O curso de Fisioterapia foi autorizado pela Portaria nº 3.139, de outubro de 2003, do Ministro de Estado da Educação, e iniciou suas atividades em 9 de fevereiro de 2004, com quatro turmas completas e 200 alunos.
Todo o corpo docente tem pós-graduação lato sensu (especialização) ou stricto sensu (mestrado e doutorado).
Por tradição, o primeiro semestre começa com as aulas magnas e o segundo traz a Semana de Fisioterapia, com palestras, minicursos, workshops e cursos sobre a profissão. O curso mantém ainda programas de extensão, como Amigos da Coluna, Massagem Quick e as ações de prevenção da osteoporose e do câncer de mama, que atendem a população de Araçatuba e região.